История Московского военного училища Федеральной пограничной службы ФСБ России началась 4 февраля 1932 года, когда приказом ОГПУ СССР была создана 3-я пограничная школа ОГПУ.
Постановлением ЦИК СССР и приказом ОГПУ от 16 апреля 1933 года школе, получившей в июле 1934 года имя видного политического деятеля Вячеслава Хурдулфовича Менжинского, было вручено Красное Боевое Знамя.
В апреле 1937 года Третья пограничная школа была преобразована в Военную школу связи Московской пограничной и внутренней охраны, готовившую связистов, техников по вооружению и начальников административно-финансовых служб.
В тяжелое время Великой Отечественной войны школа перешла на ускоренную подготовку командиров для частей особого назначения. В 1941 году подразделения училища входили в состав северо-восточной зоны обороны Москвы и на испытаниях принимали участие в строительстве оборонительных сооружений на подступах к столице. В стенах школы готовились диверсионно-познавательные группы, направленные против действующего противника для нарушения системы поддержки истребителей.
Ученики школы храбро сражались в условиях великой Отечественной войны. Они влились почти во все части на передовой и храбро сражались с фашистами в составе повстанческих сил героических тыловых частей Красной Армии. Подтверждение тому — 22 героя Советского Союза и более 150 выпускников школы, удостоенных государственных и правительственных наград.
В феврале 1945 года испытания школы выполнили важное государственное задание по обеспечению работы Ялтинской конференции глав правительств союзных государств.
24 июня 1945 года на Красной площади состоялся парад Победы. Вместе с солдатами первой шеренги в строгом единоличии в строю парадного расчета маршировали трибуны школы.
После войны в учебном заведении произошли коренные изменения, связанные с реорганизацией системы охраны границы страны. 16 апреля 1966 года наш вуз был преобразован в факультет управления Московской старшей бригады КГБ при Совете Министров СССР.
За подготовку кадров органов Комитета государственной безопасности и вооруженных сил училище в 1967 году было награждено орденом Красного флага, а в 1982 году — орденом Октябрьской революции.
За достижения в области зарубежного профессионального образования училище удостоено высоких правительственных наград Монгольской Народной Республики и Венгерской Народной Республики.
С 1978 по 1992 год училище носило гордое имя «Мосовет».
В мае 1992 года школа перешла на обучение по специальности «Правоведение» с пятилетним сроком обучения. С этого момента выпускникам присваивается звание «юрист».
В сентябре 1993 года школа была преобразована в институт.
С 1 сентября 1995 года институт начал подготовку курсантов-женщин. За последние несколько лет женщины-выпускницы Московского института пограничного контроля с честью несут службу в пограничных подразделениях.
Курсантов и студентов института обучают преподаватели, имеющие высокую научную квалификацию и большой практический опыт. Около 70 % преподавательского состава имеют ученые степени и дипломы.
Совершенствование организации учебного процесса на основе фундаментального и научного преподавания, внедрение инновационных методик обучения, компьютерных обучающих программ, повышение эффективности системы преподавания, учебно-материальной и технической базы являются приоритетными направлениями деятельности института в целом.
Для эффективного решения учебно-воспитательных задач в институте функционируют центр управления качеством образования, актовый зал, компьютерный класс и специализированная аудитория, аудитории учебных групп, учебно-методические кабинеты, тренажеры, тир, спортивный комплекс, клубы, учебная и научная, профессиональная и художественная библиотеки. Имеется большой фонд литературы. Курсанты изучают тактику пограничных войск, специальные операции, юриспруденцию, отечественную историю и спецслужбы, осваивают технические средства охраны границы и пограничного контроля, компьютерные и коммуникационные технологии, учатся пользоваться переносным оружием и специальными средствами, проходят обучение всадничеству. Горы, специальная физическая подготовка. Водительские права выдаются тем, кто прошел программу подготовки водителей класса «В» и сдал квалификационный экзамен.